Mycobiome Communities 101 : leur effet sur la santé et la maladie

Le microbiome est un ensemble de microbes qui vivent dans et sur le corps humain. Notre relation avec le microbiome est symbiotique : nous dépendons d'eux et ils dépendent de nous. Cent billions de microbes composent le microbiome du corps humain, dépassant de loin le nombre de cellules humaines. Et ces différentes communautés microbiennes interagissent constamment sur notre peau, notre bouche, nos voies urogénitales, respiratoires et digestives (qui contiennent le plus grand nombre et la plus grande diversité de microbes).

Pendant des années, le terme « microbiome » était synonyme de bactérie, et la grande majorité des recherches portant sur le microbiome se sont concentrées uniquement sur la communauté bactérienne (le bactériome). Cependant, mes recherches explorent l'idée que le microbiome englobe différentes communautés microbiennes chez l'homme, y compris les champignons (le Mycobiome ), parasites, protozoaires, amibes, archées et virus (virome).

Voici un résumé de certaines de mes recherches sur le mycobiome - la diversité des champignons vivant parmi nous - et comment optimiser les vôtres pour la santé intestinale, l'immunité et le bien-être général.

Qu'est-ce que le mycobiome et à quoi ressemble un mycobiome sain ?

Pour identifier les profils de microbiome distincts chez les personnes en bonne santé 1 , mon équipe de chercheurs a analysé des échantillons fécaux de milliers d'individus à travers les États-Unis. Chaque personne a rempli un questionnaire sur les habitudes alimentaires, le mode de vie, le sommeil, le stress, les symptômes gastro-intestinaux, le poids et les antécédents médicaux. Les sujets atteints de maladies chroniques, en surpoids (IMC > 35 kg/m2) et sous médication, etc., ont été exclus conformément aux directives de la Projet de microbiome humain .

Ces chiffres issus de nos recherches montrent le profil bactérien et fongique qui réside dans l'intestin des individus en bonne santé :

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Nos résultats montrent que les deux sont bénéfiques (par exemple, Faecalibacterium, Lactobacillus, Prevotella ) ainsi que pathogènes (par exemple, Serratia, Ruminocoque ) des micro-organismes ont été détectés dans des échantillons fécaux de sujets sains. De même, le profil fongique a à la fois des effets bénéfiques (par exemple, Galactomyces, Pichia ) et pathogènes (par exemple, Candida albicans ) micro-organismes.

La figure 3 montre que même si les sujets inclus dans l'étude étaient en bonne santé, leur microbiome s'est regroupé en trois groupes différents (groupes 1, 2 et 3). Chaque groupe partage un profil de microbiome similaire : les individus du groupe 1 ont partagé un profil de microbiome sain , tandis que ceux du groupe 2 avaient des niveaux élevés de bactéries nocives ( Protéobactéries 2 ). Enfin, les individus du groupe 3 ont des niveaux élevés de Firmicutes ( associé à l'obésité 3 ).

L'analyse des profils fongiques de différents groupes a montré que Ascomycètes était le principal phyla fongique, représentant environ 95% d'abondance dans tous les groupes. Mais qu'en est-il de la composante mycobiome de ces groupes de microbiomes ? Dans notre analyse, sans surprise, Candidose espèces étaient les principaux acteurs. La présence de Candidose ne semblaient pas être associés plus fortement à l'un des trois groupes - certains des microbiomes de chacun des groupes avaient des niveaux élevés de Candidose, et certains ne l'ont pas fait.

Il est important de rappeler que Candidose sont des habitants normaux de l'intestin humain - beaucoup de gens ont Candida albicans, C. glabrata et parfois C. tropicalis et C. parapsilose, et ces personnes peuvent être en parfaite santé. Cependant, lorsque Candidose était présent et élevé (comme cela arrive souvent après une cure d'antibiotiques , ou avec des problèmes de système immunitaire ou des problèmes de perméabilité intestinale), les sujets avaient tendance à avoir une prolifération de ce champignon.

L'importance d'un mycobiome sain

Les interactions entre bactéries et champignons dans le microbiome peuvent être complexes et impliquer plusieurs mécanismes. Et cette interaction peut avoir un impact significatif sur notre santé. Par conséquent, il est important d'étudier les deux communautés pour bien comprendre les interactions complexes entre les micro-organismes et leurs rôles dans le maintien de la santé et la prévention des maladies. Les interactions entre champignons et bactéries peuvent impacter :

• Santé intestinale : Les champignons et les bactéries jouent un rôle essentiel dans le maintien de la santé intestinale, avec un déséquilibre dans l'une ou l'autre communauté conduisant à divers troubles intestinaux 4 et les symptômes associés, notamment les ballonnements, les gaz et la diarrhée. De plus, des déséquilibres dans les communautés bactériennes et fongiques intestinales ont été associés à plusieurs troubles intestinaux ( maladie inflammatoire de l'intestin 5 , syndrome du côlon irritable , et cancer colorectal 6 ).
• Fonction immunitaire: L'interaction entre les bactéries et les champignons dans l'intestin peut également influencer notre fonction immunitaire, entraînant des modifications de la réponse inflammatoire. Par exemple, un déséquilibre dans les communautés fongiques et bactériennes peut conduire à une réponse immunitaire hyperactive ou insuffisante, qui peut contribuer à divers troubles liés au système immunitaire 7 .

La vente à emporter

Le microbiote est composé de diverses bactéries, champignons et virus 8 (bactériophages). Une gestion efficace des maladies liées au microbiome nécessite une compréhension plus complète de l'impact du microbiote sur la santé et la maladie de l'hôte, ce qui nécessite un aperçu des interactions intra- et inter-royaumes entre les membres du microbiome, ainsi que de l'interaction microbienne-hôte. Pour des moyens concrets d'optimiser votre mycobiome, syntonisez mon épisode sur le podcast mindbodygreen .

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